Šilalės krašto muziejus pradėtas kurti 1962 m., kai buvo įsteigtas Lietuvos kraštotyros draugijos Šilalės skyrius.
1994 metais muziejus įgavo Šilalės krašto muziejaus statusą.
1998 m. muziejus tapo Šilalės rajono savivaldybės Viešosios bibliotekos padaliniu.
Nuo 2003 m. muziejus tapo Kultūros centro padaliniu.
Baubliai – pirmasis senienų muziejus Lietuvoje.
Muziejų išskaptuoto ąžuolo kamiene 1812 m. įrengė žemaičių bajoras, rašytojas ir istorikas, kultūros šviesuolis Dionizas Poška (1764 – 1830). Ąžuolą, kuriam tuomet buvo apie tūkstantis metų, žmonės vadino Baubliu.
Apie 5,5 km atstumu nuo Kvėdarnos miestelio, prie vieškelio Kvėdarna-Rietavas yra Lembo kaimas. Lembo sodžiaus gale, netoli Aitros upės, ant kalvelės stovėjo Jaunių sodyba. Sodyba turėjo apie 1,5 ha žemės plotą, kuriame tilpo sodas, daržai, kiemai, kūdra ir pastatai. Sodyboje buvo gyvenamasis amas, klėtis, dveji tvartai, kiaulininkas, daržinė ir jauja.
Pagrindinė ekspozicija įrengta buvusiame klebonijos svirne. Pirmajame muziejaus aukšte eksponuojami įvairūs archeologiniai radiniai (akmeniniai bei geležiniai kirviai, žalvariniai papuošalai ir kt.), gausūs liaudies meno dirbiniai, bažnyčios ir mokyklos istoriją atspindintys eksponatai.
